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内容构建好了之后，大连网站建设的方向及内容等相关问题已经确定下来。结构设计要做的就是把内容规划分为结构清晰的层次体系，如模块的划分以及和它的关系、网站的层次和它的关系、网站链接的路径配置、功能性的页面上的分配等。
1．物理结构
网站物理式的结构是说网站建设下的目录及其所有文件的存储位置所表现出来的地方，一般情况有两种表现形式，分别是扁平式的结构和树形式的物理结构。
对小型网站来说，所有网页都要放在整体网站建设的根目录下，像这样的结构这个就是扁平式的结构。扁平式的结构对网页搜索引擎来说是为最想要的效果，这是因为有一次访问就可查看所有页面。但是，有的网站网页有点多，根目录下文件太多，查找、维护起来就会非常麻烦。所以，扁平式的物理结构大部分用于只有很少页面的比较小和微型站点。
对于网站整体比较大的网站，一般都是需要二层、三层甚至多层子目录下才能确保网页的存储，像这样的多层级次的目录也称树形式的物理结构，这是说根目录下再划分成多个频道或目录，然后在相关目录下再存到属于当前目录的内容网页。用树形式的物理结构的优点是维护容易，缺点搜索引擎的获取会相对困难。现在，网上的网站建设因为内容普遍而且比较多彩，在这样的情况下大都采用树形物理结构。
2．逻辑结构
与网站的物理结构不同，网站建设的逻辑结构也称链接结构，这个是说网站建设时候的内部链接组成的逻辑结构。逻辑式的结构和物理式的结构的不同点在于，逻辑式的结构由网站页面的连接关系决定，但是物理式的结构由网站建设的页面存储位置决定。
在网站的逻辑结构中，一般都是采用“链接深度”来描述页面之间的有关的关系。链接深度是说从源页面到目标页面所走过的路径的数量。例如，某网站的页面A中存在一个走向目标页面C的页面，则从网页A到网页C的深度链接就是1。
和物理结构类似，网站建设的相关构成也是可以分为扁平式的和树形式两种。在扁平式的相关结构的网站中，任意两个页面都可以互相连接，也就是说，网站建设中随便一个页面中包含其他页面的导向，页面和页面中的深度链接都是1。现在的网络上，一般没有单纯用扁平式的逻辑结构作为整个结构的网站建设。树形式的逻辑是说用分类、频道等页面，对具有相同的属性的网页进行链接地址构成的的网站建设结构。在树形式的逻辑相关网站，链接深度大都大于1。
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